La Facultad de Agrobiología “Presidente Juárez” nació el 11 de febrero de 1956 como Escuela Vocacional de Agrobiología “Lic. Benito Juárez”, surgió como parte del proyecto educativo de la Comisión del Tepalcatepec, cuyo Vocal Ejecutivo era el General Lázaro Cárdenas de Río y el Prof. Roberto Reyes Pérez Ontiveros Auxiliar Educativo de la misma. El 18 de marzo de 1956 se colocó la primera piedra de sus futuras instalaciones en los terrenos denominados “Los Viveros”, en donde se ubicó antiguamente una famosa empacadora de Carne, por esta razón, además de las oficinas y salones que se construyeron, existían varios edificios, entre los que destaca el que ahora es el auditorio “Ing. Eduardo Limón García”.

Aunque originalmente se planeó que Agrobiología funcionara bajo la dirección del IPN, el 30 de noviembre de 1961, siendo rector de la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo el Doctor en Filosofía Eli de Gortari, el Consejo Universitario aprobó la conformación de la Facultad de Agrobiología “Presidente Juárez”, con la profesión de Ingeniero Agrónomo en las especialidades de Parasitología Agrícola, Fitomejorador y Zootecnista y planes de estudio con una duración de cinco años, como corresponde al nivel de licenciatura. El director y gran impulsor de la institución en ese tiempo fue el Ing. Eduardo Limón García.

En 1972 se creó el Fideicomiso para el Fomento a la Educación e Investigación Agropecuaria y Forestal; este organismo favoreció a Agrobiología con: a) infraestructura (dos edificios tipo “H” de dos plantas equivalentes a 12 salones, 8 laboratorios y 12 cubículos); b) Equipo de laboratorio, material didáctico y bibliográfico y vehículos y c) subsidios especiales, independientes y superiores a los presupuestos otorgados por la UMSNH, que se destinaron a la contratación de nuevos profesores de tiempo completo, en su mayoría posgraduados en la UNAM, el IPN, la UACH, con experiencia docente y cierta formación pedagógica.

En 1975, se realiza la modificación de los planes y programas de estudio y se cambia el plan anual por semestral. Para 1976, con base en el incremento de la matrícula y en el potencial silvícola de la región, se crea la especialidad de bosques.

A principios de la década de los ochentas, se registra la mayor cantidad de matrícula de la historia de la escuela (casi tres mil alumnos). En 1981, se conforma y establece la especialidad de Fruticultura, como respuesta al creciente desarrollo frutícola regional y estatal, el Consejo Universitario aprobó también la creación de cinco plazas para contratar profesores con el perfil que la nueva carrera requería.

La década de los ochentas, marca el inicio de la crisis de México, los programas agropecuarios no dieron el resultado esperado, lo anterior tiene repercusión en la Facultad de Agrobiología, como en todas las escuelas de agricultura del país; desde mediados de los ochentas, se puede apreciar una baja significativa en la matrícula y un porcentaje de desempleo cada vez más alto entre sus egresados.

En los noventas, la Facultad de Agrobiología reinicia la búsqueda de su identidad, tomando en cuenta su ubicación, tamaño, condiciones académicas, inclusive la competencia con otras instituciones de educación agropecuaria cercanas, generando cambios que le permitieron visualizar otras posibilidades del quehacer universitario, en las funciones de docencia, investigación, extensión y difusión del conocimiento y la cultura, en su ámbito inmediato. Desde finales de los 90s varios profesores cursaron estudios de posgrado, además, se integraron a la planta de profesores, investigadores de alta calidad mediante programa del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), de manera que actualmente 80.47% de profesores tienen estudios de posgrado 26.82% de Maestría y 53.65% Doctorado. Se equiparon los laboratorios mediante la aprobación de proyectos del programa Integral de Fortalecimiento Institucional conocido como PIFI, con lo que se aumentó la productividad de los profesores investigadores.

En el año 2000 con la participación de todo el personal se trabajó en la elaboración del Plan de Desarrollo de la Facultad 2001-2010 y en el planteamiento de un nuevo Plan de estudios, cuya más grande virtud es la de haber sido encauzado con una visión hacia la sustentabilidad, que empezó a funcionar en el año 2010, en ese mismo año se elaboró el Plan de Desarrollo de la Facultad 2011-2020.

En 2009, se actualizó el Programa Educativo de Ingeniero Agrónomo, mediante la elaboración de un nuevo modelo educativo, el cual se puso en marcha a partir de 2010.

El 27 de julio de 2018, se logró la Acreditación del Programa Educativo ante el Comité Mexicano de Acreditación de la Educación Agronómica, A. C. (COMEAA), por el periodo de 2018 a 2023.